A exploração usa uma perspectiva superior e passa para batalhas por turnos quando ocorre um encontro. Akira conduz o Digi-Beetle por áreas labirínticas em busca de objetivos, itens, Digimon recrutáveis e saídas, controlando o combustível e os danos do veículo.

Até três Digimon ativos lutam contra inimigos selvagens e chefes. O jogador pode usar ataques, técnicas, itens, troca de membros e ações defensivas. Os Digimon ganham experiência e aprendem técnicas; a DNA Digivolution cria formas mais fortes. Missões, melhorias do Digi-Beetle e novas áreas estruturam a progressão.

Monte uma equipe equilibrada em vez de depender de um único atributo ou tipo de ataque. Mantenha técnicas de cura e suporte, explorando as fraquezas dos inimigos antes de gastar recursos escassos.

Volte à base quando o Digi-Beetle estiver com pouco combustível ou muito danificado. Antes de usar DNA Digivolution, verifique as técnicas herdadas para não perder habilidades úteis.