A campanha acontece em um mapa de planetas e luas. O jogador escolhe uma rota e move Godzilla ou Mothra até locais ocupados por inimigos. Ao chegar a um local inimigo, começa um combate em visão lateral; alguns espaços também podem oferecer itens ou alterar o progresso.

Godzilla depende de ataques próximos e saltos, enquanto Mothra possui movimentos e ataques diferentes graças ao voo. É preciso derrotar o monstro adversário para continuar. Os encontros posteriores ficam mais difíceis, e as fases finais culminam em batalhas contra kaiju poderosos.

Planeje a rota no mapa em vez de seguir diretamente para cada planeta próximo. Escolha o monstro cujo movimento e ataques sejam mais adequados ao próximo confronto.

Durante o combate, mantenha-se em movimento e aprenda o ritmo dos ataques inimigos. Os ataques próximos de Godzilla são fortes a curta distância, enquanto o raio térmico permite contra-atacar de uma distância mais segura. O voo de Mothra ajuda a evitar alguns ataques terrestres, mas um posicionamento ruim continua perigoso.

Guarde energia para os encontros finais. Contra os chefes, atacar, recuar e voltar a entrar costuma ser mais seguro do que trocar golpes continuamente.