As cinco fases são divididas em áreas de rolagem lateral com inimigos, armadilhas e chefes. Hayate e Kaede podem correr, pular, agachar, agarrar-se a certas superfícies e atacar com a arma equipada.

Kusarigama, shuriken e bombas aparecem durante as fases; pegar a mesma arma repetidamente pode aumentar seu poder. O jogador avança alcançando as saídas das áreas e derrotando os chefes, enquanto administra vida e munição. No modo cooperativo, os dois ninjas precisam permanecer dentro do alcance da câmera.

Use a espada contra inimigos próximos e guarde bombas e shuriken para inimigos blindados, grupos numerosos e chefes. Pegar a mesma arma várias vezes aumenta sua força; verifique o ambiente antes de trocar uma arma útil.

Agachar-se ajuda a evitar alguns projéteis. Em plataformas móveis e beiradas estreitas, faça os saltos com cuidado. No modo para dois jogadores, mantenham-se próximos para que nenhum ninja fique fora da câmera ou vulnerável aos inimigos.