A ação é vista principalmente em terceira pessoa, com uma perspectiva em primeira pessoa para observar o ambiente. Snake explora áreas interligadas, evita guardas, coleta armas e cartões de acesso e cumpre os objetivos da missão.

Ele pode rastejar, esconder-se, distrair inimigos, usar equipamentos de vigilância e lutar quando necessário. A progressão acontece por meio dos eventos da história, equipamentos, cartões-chave e novas habilidades, não por um sistema de níveis.

Observe as rotas dos guardas antes de avançar e use o radar quando não estiver em alerta. Rastejar e andar agachado reduzem o risco de detecção; bater na parede ou lançar um carregador vazio pode distrair um guarda.

Poupe munição para as batalhas contra chefes e use rações antes que a saúde fique crítica. Procure silenciadores, coletes, cartões e armas opcionais nas salas. Durante um alerta, interrompa a linha de visão e mude de esconderijo em vez de tentar derrotar todos os inimigos.