Zebes é uma rede de salas conectadas, não uma simples sequência de fases. Samus explora Brinstar e Norfair, combate inimigos, procura tanques de energia e expansões de mísseis e derrota guardiões importantes antes de enfrentar Mother Brain.

A progressão depende de itens como Morphing Ball, Bombs, Ice Beam, Varia Suit e Screw Attack. Mísseis abrem portas vermelhas e são necessários contra alguns inimigos. Não existe um mapa integrado, então o jogador precisa memorizar pontos de referência e rotas. Elevadores ligam as grandes áreas, e novos equipamentos incentivam o retorno a regiões já visitadas.

Explore de forma metódica e memorize a disposição das salas, pois a versão para NES não tem mapa. Atire em paredes e pisos suspeitos e retorne às áreas anteriores depois de obter cada nova habilidade.

• Colete tanques de energia e expansões de mísseis.
• Congele os Metroid com o Ice Beam e destrua-os com mísseis.
• Guarde mísseis para portas vermelhas, chefes e inimigos resistentes.
• Mantenha uma boa reserva de energia antes de Norfair e dos guardiões.