Moon Crystal usa uma perspectiva lateral. O jogador atravessa fases lineares, supera obstáculos, evita inimigos e chega ao fim de cada cena enquanto diálogos e sequências animadas desenvolvem a história.

O protagonista pode se mover, pular, usar alguns elementos do cenário e atacar ameaças. Seções tradicionais de plataforma se alternam com perseguições e armadilhas, tornando importantes tanto a observação quanto o tempo dos movimentos. A campanha é estruturada em torno da narrativa, sem modos livremente selecionáveis.

Observe os padrões de movimento dos inimigos e das armadilhas antes de avançar. Em trechos perigosos, espere uma abertura segura em vez de correr sem cautela.

Durante as perseguições, mantenha distância suficiente para reagir. Em telas desconhecidas, posicionar-se bem e desviar costuma ser mais seguro do que atacar continuamente.