As partidas acontecem em um campo bidimensional onde grupos de Puyos caem. O jogador move e gira pares de Puyos, conecta quatro ou mais da mesma cor e cria correntes. As correntes enviam Puyos de lixo Ojama ao adversário. Nas disputas competitivas, o objetivo é lotar o campo inimigo enquanto se mantém o próprio campo sob controle.

O modo aventura apresenta um mapa para explorar e encontros que usam as regras de Puyo Puyo. É preciso percorrer áreas, enfrentar inimigos, comprar ou encontrar itens úteis e avançar pelo cenário. Outros modos preservam as partidas tradicionais e oferecem regras diferentes e conteúdo relacionado à série.

Sempre que possível, monte correntes em vez de eliminar grupos isolados imediatamente. Deixe espaço sob os Puyos que caem para preparar uma corrente e não preencha o centro do campo cedo demais.

Nas partidas competitivas, observe os Puyos Ojama que o adversário está preparando e evite quedas apressadas. No modo aventura, explore bem as áreas antes de batalhas difíceis e use as lojas e os itens disponíveis. Correntes estáveis costumam ser mais seguras do que uma única tentativa muito arriscada.