A ação é apresentada de lado e percorre oito fases lineares. O objetivo é derrotar ondas de soldados do Foot e monstros, evitar perigos e vencer o chefe no final de cada área. Vidas e saúde precisam ser administradas durante a aventura.

O jogador escolhe uma das quatro Tartarugas. A cruz direcional movimenta e faz o personagem se abaixar, B ataca e A pula. Pressionar A+B ao mesmo tempo executa um ataque especial que consome saúde. O modo para dois jogadores permite avançar em conjunto, enquanto a comida deixada pelos inimigos recupera saúde. As armas alteram o alcance e o ritmo do ataque básico.

Use Donatello para manter distância; Michelangelo e Raphael são úteis quando os inimigos se aproximam. Ataque os grupos pelas bordas, em vez de saltar para o centro.

Guarde o ataque especial para chefes ou grupos perigosos, pois ele consome saúde. No modo cooperativo, permaneçam próximos o bastante para ajudar um ao outro, mas evitem ser cercados juntos. Aprenda os padrões dos chefes e elimine primeiro os inimigos capazes de atacar à distância.