A maioria das fases usa uma perspectiva lateral. O jogador movimenta o herói, derrota inimigos, evita perigos, coleta melhorias e chega a um chefe ou ao objetivo. Simon e Dr. Wily realizam as ações principais, enquanto algumas fases alteram o formato tradicional de plataforma.

As fases são baseadas em várias séries da Konami e podem incluir tiro, veículos e outras sequências especiais. A progressão é principalmente linear, com novas áreas e encontros surgindo durante a aventura. Nas seções compatíveis, dois jogadores podem participar; o segundo controla Dr. Wily.

Aprenda o ritmo de cada fase antes de avançar com pressa. Como o movimento e os perigos mudam entre as áreas, guarde vidas e melhorias para os trechos desconhecidos.

No modo para dois jogadores, observe os dois lados da tela e evite que um personagem fique muito à frente. Contra os chefes, priorize movimentos seguros e ataque somente quando houver uma abertura clara.