Os duelos são apresentados em primeira pessoa. O campo possui cinco espaços para monstros e uma área separada para cartas mágicas e armadilhas. Em cada turno, o jogador compra uma carta, invoca ou posiciona uma carta e pode atacar quando as condições são atendidas.

A campanha alterna cenas da história e duelos contra adversários. As vitórias concedem cartas e Pontos de Duelista, usados para comprar pacotes. As fusões podem ser feitas sem Polymerization, e certos monstros recebem bônus de terrenos adequados. O jogo também inclui duelo livre e funções relacionadas às senhas das cartas.

Monte o baralho em torno de monstros fáceis de invocar e evite incluir muitas cartas que dependam de situações específicas. Aprenda combinações úteis de fusão e mantenha equilíbrio entre monstros, mágicas e armadilhas.

Salve antes dos duelos importantes sempre que possível. Use os bônus de terreno com monstros adequados e gaste os Pontos de Duelista em pacotes que realmente melhorem o baralho. Como as recompensas dependem parcialmente da sorte, alguns duelos podem precisar ser repetidos.